Vznik Islámské nadace v Praze spadá do počátku devadesátých let minulého století. Zárodek budoucí organizace se však začal vytvářet již dříve, kdy se skupina praktikujících muslimů v Praze začala scházet k pátečním bohoslužbám. První společná páteční kázání se uskutečnila již v roce 1989. V prvních letech probíhala ve skromných a provizorních podmínkách. Začínalo se v jedné školní místnosti na velvyslanectví Egypta. Pak se páteční bohoslužby stěhovaly, většinou po několika měsících až půl roce, z místa na místo.

Islámská nadace v Praze je neziskovou organizací, která vznikla proto, aby naplňovala potřeby praktikujících muslimů v Praze a okolí.

Začátky muslimské komunity v Brně spadají už do roku 1992, kdy byla zřízena modlitebna ve sklepních prostorách v ulici Dobrovského, v Králově poli. Modlitebnu provozovala Organizace islámského centra a vedl ji imám Džafar z Bosny.